Учeныe из   Рoссии рaзрaбoтaли унивeрсaльный алгоритм для поиска мутантных белков в   клетках при помощи масс-спектрометров, что поможет медикам быстрее искать уязвимые точки в   раковых опухолях, говорится в   статье, опубликованной в   журнале Proteomics.

«Наш подход может в   дальнейшем использоваться для поиска ассоциированных с   раком мутаций на   основе протеомных данных. Это поможет в   изучении белкового состава опухолей и   разработке препаратов, „нацеленных“ на   мутантные белки в   опухолевых клетках»,   — рассказывает Михаил Горшков из   Московского Физтеха и   Института энергетических проблем химической физики РАН.

Как надеются Горшков и   его коллеги из   различных российских исследовательских учреждений, разработанный ими алгоритм поможет находить слабые места в   раковых клетках и   использовать их   в   качестве той точки, куда будут бить лекарства будущего.

Работа этой программы основана на   принципах так называемых протеогеномных технологий   — сочетания протеомики, науки, изучающей всю совокупность белков в   клетке, и   геномного анализа, используемого для расшифровки и   чтения белковых последовательностей из   ДНК конкретных клеток.

Для работы этой программы и   поиска мутантных белков необходимы данные масс-спектрального анализа содержимого клетки, по   которым компьютер может обнаружить даже небольшие мутации в   белках по   отклонениям в   их   массе от   «нормальных» значений, предсказанных при помощи геномного анализа.

В   качестве демонстрации команда Горшкова изучила набор мутантных белков в   линии «бессмертных» раковых клеток HEK-293, которую часто используют для проведения различных исследований в   молекулярной биологии и   которая накопила в   себе множество мутаций.

Получив данные масс-спектроскопии по   таким клеткам и   расшифровав значимую часть их   ДНК, авторы статьи подготовили целую базу данных по   белкам-мутантам в   данных клетках, чье общее число, благодаря точности работы программы российских исследователей, увеличилось на   113 коротких молекул белков, содержащих в   себе «опечатки».

Восемь из   обнаруженных мутаций оказались связаны с   развитием различных типов рака. Возможно, наличие этих вариантов способствует лучшему выживанию и   размножению клеток. В   частности, один из   обнаруженных геномных вариантов относится к   белку p53, подавляющему злокачественное преобразование клетки. Как надеются ученые, результаты их   исследования и   разработанный ими алгоритм ускорят разработку лекарств от   рака.